由于湿巾的防腐防霉难度大，以往国内不少湿巾生产企业均曾发生过由于湿巾微生物严重超标、发臭霉变而造成损失的情况。为了防止湿巾上微生物的繁殖，许多企业都采用在配制液里添加防腐剂的方式以确保产品在保质期内符合卫生。   

除过戊二醛，目前湿巾制造厂商，所使用的防腐体系还有卡松(卡松、Kathon)，这种防腐剂的杀菌广谱，对细菌、霉菌都具有杀菌效果，但缺点是该产品对细菌芽孢无能为力，对假单胞菌的杀灭效果差，稳定性也不好，对皮肤刺激性强，单独使用很容易造成防腐失败。

另外，国内还有一部分湿巾制造厂商，使用了双胍类、季胺盐类防腐剂。严格意义上讲，阳离子属于杀菌剂随杀菌但没有持久的防腐功能，单独使用于化纤类湿巾尚可短时间保存，而对于棉或含棉湿巾却起不到应有的防腐作用。

其它防腐剂还有2-甲基异噻唑啉酮(MIT)、5-氯-2-甲基异噻唑啉酮(CMIT)、溴硝醇(布罗波尔)，或药剂的复合配方随着国内对要求的越来越严格，一些厂商也在积极的寻求新的防腐体系。